Первоначально, до 1635 г., церковь находилась на месте, называемом "старый городок". В 1635 г. храм в честь свт. Афанасия и Кирилла, Патриархов Александрийских, с приделом свт. Николаю, был перенесен в связи с сильным разливом рек Вычегды и Яренги. 29 мая 1681 г. храм сгорел от удара молнии. В 1682 г. построен новый деревянный, двухэтажный храм в честь свт. Афанасия и Кирилла Александрийских. Приделы: внизу - во имя свт. Николая Чудотворца, вверху - во имя иконы Богоматери "Всех Скорбящих Радость", в честь Пророка Илии.

В 1639 г. была освящена деревянная церковь в честь Преображения Господня. 7 июня 1762 г. церковь сгорела от удара молнии.

21 марта 1745 г. епископом Велико-Устюжским и Тотемским Гавриилом был издан указ о постройке каменной церкви во имя Воскресения Христова с приделом св. Иоанну Предтече. 16 мая 1760 г. епископ Варлаам разрешил устройство при этой церкви придела в честь св. Апостола и Евангелиста Луки, небесного покровителя строителя храма Яренского купца Луки Иосифовича Новоселова. 4 августа 1765 г. архиепископ Феодосий распорядился переименовать Воскресенскую церковь и освятить в честь Преображения Господня. Освящение состоялось в 1775 г.

Церковь в честь иконы Божией Матери "Всех Скорбящих Радость" построена в 1803-1820 г.г. тщанием прихожан и яренского купца Михаила Феодоровича Иовлева. Каменная. Престолы: в честь иконы Божией Матери "Всех Скорбящих Радость", свв. Афанасия и Кирилла Александрийских, свт. Николая Мирликийского. Эта церковь заменила деревянную, также двухэтажную, церковь во имя святителей Афанасия и Кирилла, патриархов Александрийских, с приделами во имя свт. Николая Чудотворца, иконы Божией Матери "Всех Скорбящих Радость", пророка Илии.

Приписная кладбищенская церковь, в честь Всех Святых. Первая деревянная церковь была построена в 1788 г. тщанием яренского купца Алексея Михайловича Гуляева. В 1868 разобрана по ветхости. В 1863 г. построена новая церковь, тщанием Павла Адриановича Кочиева, уездного исправника и старосты Преображенского собора. При этом П. А. Кочиевым было пожертвовано 4050 р. 55 к. Новая каменная церковь располагалась в 1,5 верстах от собора. Престолы: в честь Всех Святых (освящен в 1864 г.), в честь Животворящего Креста Господня (освящен в 1868 г.).

Указом Св. Синода от 31 октября 1864 года было преподано благословение Св. Синода прихожанам собора и преимущественно коллежскому асессору Павлу Кочиеву, с выдачей ему грамоты, за постройку каменной кладбищенской церкви.

Приписная тюремная церковь, в честь иконы Божией Матери "Утоли моя печали". Построена в 1902-1903 г.г. Яренским уездным Земством, тюремным отделением и частными лицами. Деревянная. В 1-й версте от собора.

Часовни: в честь Христа Спасителя, построена по указу Велико-Устюжского ДП от 6 июля 1890 г. в память о чудесном избавлении императорской семьи от опасности во время крушения поезда 17 октября 1888 г.; в д. Базлуке, в честь свв. Косьмы и Дамиана, возобновлена в 1732 г., перестроена после 1800 г.; в д. Микшегорской (Микшина Гора), в честь вмч. Георгия, возобновлена по указу епископа Устюжского Лаврентия в 1790 г., перестроена в 1889 г.

Диакон: Алексий Симеонович (умер до 1805 г.).