В 1582 г., по грамоте Новгородского и Великолуцкого митрополита Александра, была построена соборная деревянная церковь во имя Архистратига Михаила с тремя приделами: во имя Нерукотворного Образа Спаса, во имя Казанской иконы Божией Матери и во имя Алексия, Человека Божия. Первые два придела находились по сторонам главного храма, третий - в западной части храма на полатях. Храм сгорел в 1675 г. от удара молнии. Вместо него на другом месте, по благословению митрополита Корнилия, в 1675-1681 г.г. был построен новый храм. Престолы: Михаило-Архангельский, освящен 7.11.1681; Нерукотворного Образа Спаса, освящен 2.5.1681; Казанский, освящен 22.10.1687; Алексия, Человека Божия.

Согласно писцовым книгам Бобарыкина от 1620 г., существовал храм во имя преп. Сергия Радонежского, который в 1633 г. был заменен новым храмом во имя того же святого. В писцовых книгах Кирилла Яковлева от 1675 г. упоминается деревянная Благовещенская церковь, с приделом во имя Сергия Радонежского. В 1697 г. архиепископом Афанасием была дана благословляющая грамота на постройку новой Благовещенской церкви с приделом во имя преп. Сергия. В 1698 г. строительство было завершено. В 1704 г. храм сгорел от удара молнии. Построенный в 1715-1723 г.г. храм также сгорел в 1731 г. В 1735 г. начато строительство каменного храма по благословляющей грамоте, данной Преосв. Германом. Престолы: главный - во имя Благовещения Пресвятой Богородицы, освящен 15.6.1762; в трапезе с южной стороны - во имя преп. Сергия Радонежского, освящен 17.12.1741; с северной стороны - во имя Алексия, Человека Божия, который был перенесен предположительно в 1778 г. из Михаило-Архангельского храма, во время ремонта последнего. Усердием шенкурского купца Прокопия Лагунова в 1843 г. к храму была пристроена каменная колокольня.

Согласно описанию, сделанному в 1893 г., в храме хранились старинные книги, в частности: Четвероевангелие с предисловием Феофилакта Болгарского, вклад Герасима Едомского, сделанный в 7125 (1616) г., 10 января в Михаило-Архангельский храм; Евангелие воскресное 1629 г.; повседневное Евангелие от Луки и Иоанна 1648 г.; Евангелие Московской печати 1688 г.; Евангелие воскресное 1724 г.; Евангелие 1759 г.; Триодь постная 1696 г.; Триодь цветная 1695 г.; Меч духовный 1666 г.; Обед душевный 1681 г.; Увет духовный 1686 г.; Вечеря душевная 1683 г. В Спасском приделе хранилась икона Нерукотворного Образа Иисуса Христа, написанная, согласно надписи на ней, в 1591 г.

Приписные церкви: кладбищенские Сретенская и Воскресенская. Сретенский храм - каменный, двухэтажный. Строительство было начато в 1804 г. на средства купца Ивана Федоровича Подосенова, закончено в 1830 г. Престолы: вверху - во имя св. Иоанна Богослова, освящен в 1830 г., внизу - во имя Сретения Господня, освящен в 1810 г. Воскресенский храм - деревянный, построен в 1869-1870 г.г. Престолы: главный - Воскресенский, южный - Петропавловский, северный - Ильинский. В приходе имелась также домовая тюремная церковь. Две церкви находились в Шенкурском женском монастыре. В 1890-х г.г. началось строительство церкви при Шенкурском духовном училище.

Часовни: во имя св. Модеста в д. Логиновской (4 версты от приходских храмов); мучч. Флора и Лавра в д. Харитоновской (8 в.); свт. Николая в д. Гришинской (7 в.); св. Модеста в д. Рачканде (10 в.); Покрова Пресвятой Богородицы в с. Покровском. Первые 4 часовни были устроены в 1733 г. по случаю падежа скота, а последняя - в 1891 г. (впоследствии перестроенная в церковь?)

Шенкурский собор до 1683 г. назывался Михаило-Архангельским, после - Благовещенским.

Протоиереи: Тимофей Иванов 1683-1687 г.г.; Прокопий Анфимов по 1702 г.; Иов Прокопьев по 1723 г.; Алексий Баранкеев по 1732 г.; Андрей Аввакумов по 1733 г.; Михаил Иосифов по 1750 г.; Михаил Подримский по 1753 г.; Василий Иванов Павловский по 1777 г.; Иоанн Федоров Розов по 1808 г., из учителей АДС, первый из всей епархии получивший бархатную фиолетовую скуфью; Григорий Алексиев Заринский по 1830 г.; Николай Жданов по 1856 г., магистр богословия, скончавшийся в должности настоятеля кафедрального собора 6.5.1872; Николай Никифоров Кремлев по 1871 г.; Андрей Васильев Сергиев; Иоанн Михайлов Ивановский до 5.4.1880.

Священники: Феодор, Иван Макарьев и иеромонах Симеон 1620-1623 г.г.; Феодор Фокин 1624-1652 г.г.; Феодор Юрьев 1640 г.; Иоанн Юрьев 1640 г.; Порфирий Ефремов 1650 г.; Петр Фокин, Марко Власов и Кирилл Марков 1652-1656 г.г.; Лаврентий Федоров 1656-1682 г.г.; Иоанн Лаврентиев и Стефан Иванов по 1690 г.; Иосиф Митусов по 1692 г.; Иов Прокопьев по 1701 г.; Иосиф Анфимов, Алексий Порфирьев, Стефан Андреев и Иоанн Стефанов 1702-1723 г.г.; Андрей Аввакумов 1723-1731 г.г.; Матфей Федоров 1737-1757 г.г.; Иоанн Алексиев 1737-1751 г.г.; Иоанн Андреев 1747-1751 г.г.; Иоанн Федоров 1751-1753 г.г.; Петр Таратин 1753-1760 г.г.; Иоанн Ядовин 1756-1760 г.г.; Иаков Марков 1760-1765 г.г.; Петр Ручьев 1760-1762 г.г.; Михаил Петров; Петр Елизаровский по 1792 г.; Никифор Леонтиевский 1775-1789 г.г.; Петр Владимиров 1794-1806 г.г.; Алексий Иванович Ядовин с 1790 г.; Василий Аникитич Сергиев по 1806 г.; Василий Ильич Сергиев 1823-1846 г.г.; Федор Васильев Павловский 1824-1834 г.г.; Алексий Иванович Васильев 1835-1851 г.г.; Василий Иванов Кузмин 1846-1847 г.г.; Андрей Васильев Сергиев 1847-1871 г.г.; Петр Дмитриев Ежов 1847-1862 г.г.; Александр Иванов Денежников 1871-1880 г.г.; Михаил Ильич Тамицкий 1873-1887 г.г.; Владимир Иванов Макаров 1880-1894 г.г. (2-й священник); Александр Ксанфиев Зимин 1890-1892 г.г.

Диаконы: Борис Глебовский 1824-1875 г.г.; Никанор Томихин 1888 г.