Земля, на которой располагался приход, была заселена финно-угорскими племенами, а с XIV в. принадлежала роду Своеземцевых. Новгородский посадник Василий Матвеевич Своеземцев купил в 1315 г. за 20000 белок у важеского старосты Азики, Харагинца, Ровда и Игнатца земли Шенкурского погоста до Ростовских меж. Один из потомков посадника Василий Степанович Своеземцев, также посадник, около 1426 г. построил Пенежский городок при реке Пенежке. Служа в Новгороде, посещал свой городок и в 1450 г. построил возле него при реках Ваге и Пинежке монастырь с церковью во имя Иоанна Богослова. Поводом к этому послужил слышанный им звон и пение на месте этого монастыря в день памяти св. апостола Иоанна Богослова. Вскоре им же построена церковь в честь святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста. Для материального обеспечения обители Василий Степанович приписал к ней в 1452 г., при первом игумене Серапионе, три деревни с лесами и угодьями из своих вотчин. В 1456 г. он принял постриг от игумена Серапиона с именем Варлаам и скончался 19 июня 1462 г. В 1552 г., при перенесении его гроба из ветхой церкви в новую, его тело было обретено нетленным. Игумен Герасим, зная его благочестивую жизнь и видя его нетленное тело и совершаемые им чудеса, начали почитать его праведником и написали икону угодника Божия. Спустя около 80 лет о жизни и чудесах Варлаама сообщили Новгородскому митрополиту Киприану, который причислил его к лику святых и благословил грамотой от 14 февраля 1631 г. соорудить в честь преподобного придел при Богословском храме. Придел был освящен 19 июня 1635 г. В этот день и чествуется преп. Варлаам Шенкурский (Важский). Сын преподобного Иван Васильевич из своих вотчин на реке Паденге отписал к Иоанно-Богословскому монастырю две деревни, на что дал грамоту в 1470 г. при игумене Серапионе. Исаак Семенович Немиров приписал пять деревень. Великий князь Иоанн III грамотой от 5.1.1482 на имя игумена Кирилла пожаловал монастырю разные деревни с лесами и угодьями. Великие князья выдавали монастырю несколько раз несудимые грамоты: Василий Иоаннович - в 1527 г. на имя игумена Феодосия, царь Иоанн IV - 16 марта 1535 г. на имя игумена Ионы и 17 мая 1551 г. на имя игумена Паисия. В 1764 г. монастырь был упразднен и превращен в приход.

Игумены: Серапион с 1452 г.; Кирилл до 1482 г.; Симеон до 1526 г.; Феодосий до 1527 г.; Иона до 1535 г.; Герасим до 1543 г.; Геронтий до 1549 г.; Феодосий до 1551 г.; Паисий в 1551 г.; Герасим в 1552 г.; Варлаам, Иринарх и Евфимий до 1575 г.; Иоанникий, Измаил, Феодор и Даниил до 1589 г.; Авраамий до 1590 г.; Варлаам и Авраамий 1606-1616 г.г.; Феодосий и Игнатий 1621-1623 г.г.; Симеон до 1626 г.; Иосиф и Евфимий 1631-1634 г.г.; Серапион, Антоний, Ефрем, Варсонофий, Игнатий и Иона до 1646 г.; Макарий Долгобородов (из родственников преп. Варлаама) 1655-1669 г.г.; Гурий и Иона 1670-1675 г.г.; Парфений до 1680 г.; Даниил до 1687 г.; строитель иеромонах Ефрем и игумен Варлаам до 1696 г.; игумен Фирс и строитель монах Даниил Стреков до 1703 г.; строители - священноиерей Иоанн и иеромонах Гавриил до 1712 г.; игумены - Евфимий до 1727 г.; Филарет до 1728 г.; Исайя до 1743 г.; строитель иеромонах Иосиф, архимандрит Филарет, скончавшийся при монастыре 24 июня 1754 г.; игумен Евфимий до 1765 г.

Иоанно-Богословский храм, построенный преп. Варлаамом, сгорел от удара молнии, о чем свидетельствовала грамота митрополита Киприана от 16 февраля 1627 г. на имя келаря старца Антония на постройку новой церкви вместо сгоревшей. В 1802-1809 г.г. был построен каменный храм во имя евангелиста Иоанна Богослова с приделами во имя преп. Варлаама Важеского и иконы Божией Матери "Всех скорбящих Радость" (в теплой трапезе).

Трехсвятительский храм, построенный преп. Варлаамом, также сгорел от молнии. Митрополитом Аффонием в 1641 г. дана грамота на строительство новой церкви. В новом храме, по грамоте митрополита Новгородского Макария от 17 февраля 1655 г. на имя игумена Макария, с северной стороны был пристроен придел в честь Св. Духа. Этот храм вскоре сгорел. По грамоте митрополита Питирима от 12 сентября 1671 г. на имя игумена Ионы был построен новый храм в честь Св. Духа с приделом трех святителей. В 1782 г. он был заменен новой церковью с одноименными престолами.

Часовня располагалась рядом с храмами, построена в 1821 г. Здесь под спудом находились мощи преп. Варлаама.

Священники: Козьма Жданов до 1772 г.; Егор Жданов до 1796 г.; Стефан Токарев до 1805 г.; Михаил Михайлов до 1822 г.; Иоанн Денежников до 1823 г.; Николай Козмин до 1827 г.; Евсигней Герасимов Петухов до 1843 г.; Евдоким Терентиев до 1853 г.; Прокопий Федоров Колчин по 1857 г.; Александр Артемьев Зуев до 1870 г.; Андрей Васильев Нечаев до 1873 г.; Гавриил Семенов Молчанов до 1885 г.; Николай Иванов Попов до 1893 г.

Церковный староста: Димитрий Елизаров с 1887 г.