Город Мезень образовался из двух слобод - Окладниковской и Кузнецовой. Центр соборного прихода находился в бывшей Окладниковой слободе. Здесь было два храма. По устному преданию, первая церковь во имя сщмч. Климента, папы Римского, и Петра Александрийского построена в 1568-1570 г.г. новгородцами, бежавшими от царя Иоанна Грозного. Кроме того, в повествовании об обретении иконы Св. Троицы в Лампожне в 1602 г. упоминается церковь в честь Пресвятой Богородицы в Окладниковской слободе. В одной из грамот царя Федора Алексеевича, говорилось, что в 1669 г. в Окладниковской слободе была церковь во имя сщмч. Климента и Петра, построенная по благословению патриарха Иоасафа и вскоре сгоревшая. Еще одна церковь - в честь вмц. Параскевы - сгорела в 1698 г. В 1700 г. по благословению архиепископа Афанасия начато строительство теплого храма в честь Богоявления Господня, который был освящен в 1703 г. десятским священником Илией. После того, как этот храм обветшал, 28 сентября 1859 г. на средства прихожанина купца Стефана Шевкуненко было начато строительство нового Богоявленского храма. Освящение храма состоялось 11 ноября 1861 г. Стефан Шевкуненко пожертвовал также капитал в 1000 руб. и лес, из которого был построен дом с мезонином и службами для причта. В 1894 г. на средства купца Ивана Ефремова Ружникова был сделан ремонт и заменен иконостас, всего на сумму до 6000 руб. серебром. В храме хранился серебряный потир, пожертвованный стольником князем Семеном Засекиным, а также образ Божией Матери, пожертвованный стольником Хомутовым.

В 1714 г. начато строительство холодной церкви с тремя престолами: главным - в честь Рождества Пресвятой Богородицы, придельными с южной стороны - во имя сщмч. Климента, папы Римского, и Петра Александрийского, с северной стороны - Алексия, человека Божия. Престолы были освящены в 1718 г.

По церковной грамоте Михаила Феодоровича к Мезенскому соборному храму было приписано немного угодий в разных местах, но по решению Правит. Сената в 1869 г. все они перешли в государственную собственность.

Приписная церковь: во имя свт. Николая на лесопильном заводе дворянина Русанова, в 25 верстах от г. Мезени.

Часовни: две в г. Мезени.

В 1888 г. было преподано архипастырское благословение мезенским купцам Ивану, Афанасию и Петру Ружниковым, пожертвовавшим 250 руб. на покупку железа для соборных зданий и 100 руб. на пополнение соборной ризницы.

Священники: Герасим 1663 г.; Илия конец XVII в. (в 1702 г. переведен в Архангельский Троицкий собор); Феодор 1710 г.; Феодор Иванов 1745-1759 г.г.; Афанасий Гагарин до 1762 г.; Никифор Наумов до 1766 г.; Иаков Пертов; Василий Манаков до 1776 г. (протоиерей); Стефан Спирихин 1781 г.; Димитрий Павловский до 1784 г.; Иоанн Федоров до 1804 г.; Прокопий Герасимов Киприанов до 1806 г.; Варсонофий Гагарин до 1811 г.; Михаил Новиков до 1813 г.; Иоанн Розов 1808-1811 г.г. (протоиерей); Артемий Постников 1814-1820 г.г. (протоиерей); Каллинник Корытов 1821-1844 г.г. (с 1834 г. протоиерей); Гавриил Попов до 1850 г. (протоиерей); Василий Фирсов 1.7.1852-1870 г.; Петр Ивановский до 1880 г.; Михаил Темнорусов до 1883 г.; Лев Владимиров до 1886 г.; Симеон Кудрявцев до 1891 г.; Авенир Шабунин 1887-1890 г.г.; Алексий Варфоломеев 1890-1893 г.г.; Александр Иаковлев Заостровский 25.7.1893-24.8.1895.

Церковный староста: мещанин Никандр Личутин 1887 г.