Севернее того места, где располагалась Благовещенская церковь, недалеко от Архангельского монастыря, в XVII в. находилась часовня распятия Господня. Часовня в XVII - нач. XVIII в.в. находилась в ведении причта Рождественской церкви. Близ этой часовни по прошению холмогорца Димитрия Матфеева на его пожертвования и пожертвования жителей Архангельска, по благословляющей грамоте Преосвященного Варнавы, архиепископа Холмогорского, от 3 февраля 1715 г., была построена первая деревянная теплая церковь во имя Благовещения Пресвятой Богородицы с приделом вмч. Димитрия Солунского. Главный престол был освящен тем же архиепископом 7 июля 1716 г., придел - 19 декабря 1717 г.По южную сторону церкви вскоре строится деревянная холодная церковь в честь правв. Прокопия и Иоанна Устюжских. Ее основателями были жители г. Устюга Иван Петров, Борис Никитин, Иван Костямин, Иван Колмогоров, Димитрий Белых и др. "да Архангельскаго города Кормовщик Петр Салтанов", которые вместе со священником Благовещенской церкви Иоанном Селецким, пономарем Авраамием и старостой Антоном Едемским в 1721 г. просили разрешения у Преосвященного Варнавы на строительство. Церковь была освящена 20 сентября 1724 г. Тогда же в эту церковь устюжанами была перенесена написанная ими икона правв. Прокопия и иоанна Устюжских из соборной церкви Всемилостивого Спаса Преображения Господня, где она находилась с 1696 г. на временном хранении.

Церковь существовала до 1776 г. В 1759 г. прихожане с приезжавшими в Архангельск устюжанами обратились к епархиальному начальству с просьбой вместо деревянных церквей, уже обветшавших, построить каменную двухэтажную, во имя Благовещения Пресвятой Богородицы, на что и было дано разрешение в следующем году. Благовещенскую церковь разобрали, оставив только трапезу для отправления в ней треб и совершения утренних и вечерних богослужений на время строительства. Нижний этаж закончен в 1763 г.; он был покрыт тесом, и 16 февраля того же года Преосвященным Иоасафом освящен главный престол во имя Благовещения Пресвятой Богородицы, а 28 октября 1775 г. Преосвященным Вениамином - северный придел в честь вмч. Димитрия.

В 1802 г., старанием и иждивением архангельского купца Алексея Ивановича Попова и его сыновей с помощью великоустюжских купцов был надстроен верхний каменный этаж с колокольней над папертью, а на южной стороне нижнего этажа устроен придел в честь трех святителей Петра, Алексия и Ионы. Престол в верхнем храме в честь правв. Прокопия и Иоанна Устюжских освящен 8 июля 1802 г., а святительский придел в нижнем храме - 20 мая 1802 г. Преосвященным Евлампием.

В 1829-1837 г.г. было много сделано для благоустройства храма. Это было время льгот и привилегий, дарованных архангельскому купечеству Александром II, по случаю посещения им г. Архангельска 28 июля 1819 г.: купечество на 20 лет было освобождено от взноса гильдейских повинностей и по набережной Двины было разрешено строить деревянные дома (до этого разрешались только каменные). В 1826 г., в первый год своего 9-летнего служения церковным старостой, архангельский купец Афанасий Иванович Амосов испросил у Преосвященного Аарона разрешение для сбора пожертвований на утройство нового иконостаса в главном Благовещенском храме и причтового дома. Сбор был успешным. Были устроены: иконостас в 1500 руб., причтовый дом в 3600 руб. ассигн., железная крыша над церковью (вместо деревянной) на 3455 руб., деревянная ограда и много другое, а также куплены утварь и принадлежности для ризницы.

Пожертвования поступали от местных и приезжавших на хлебную навигацию купцов, смольных браковщиков, "десятских льна", великоустюжского общества и многих других. Наиболее крупными жертвователями были сам А. И. Амосов, купец 1-й гильдии (1000 руб.), Петр Николаевич Маляхинский (2000 руб.), Александр Плотников (1000 руб.) и никольский купец 1-й гильдии Яков Федорович Грибанов (1706 руб.). В числе жертвователей были также Вильгельм Брант и Христиан Грель.

Около 1869 г. майорская вдова Пелагея Алексеевна Леонтиева, урожденная Попова, пожертвовала причтовый дом, который находился на Шенкурской улице. В 1871 г. на средства архангельской купеческой вдовы Александры Андреевны Селиверстовой был отремонтирован придел трех святителей; старый иконостас был пожертвован в мызскую архиерейскую церковь.

К 1884 г. многое пришло в ветхость, наводнение 1881 г. подмыло фундамент церкви. С 1884 г., более 10 лет, при 6-летнем ктиторстве архангельского купца Якова Максимовича Мерзлютина и его брата, следующего за ним ктитора, Григория Максимовича Мерзлютина, велся непрерывный ремонт храма: сделана каменная пристройка с западной стороны с двумя ведущими в верхнюю церковь каменными лестницами, обнесенными чугунными перилами, устроена каменная ограда с железной решеткой, и многое другое. Всего было потрачено более 10000 руб. из средств торгового дома братьев Мерзлютиных.

В 1887 г. церковно-приходское попечительство возобновило Димитриевский придел.

В 1888 г. епископом Нафанаилом была выражена признательность с преподанием благословения председателю церковно-приходского попечительства Андрею Филиппову Беляевскому и членам попечительства Григорию Максимову Мерзлютину, Козьме Тимофееву Минаеву, Василию Михееву Пахомову, Андрею Петрову Батракову, Ивану Гаврилову Быкову и Константину Семенову Лиханову за пожертвование 303 руб. на устройство железной крыши на причтовом доме, вместо ветхой деревянной.

В 1890 г. вдовой Александрой Андреевной Селиверстовой в нижнем Благовещенском храме был устроен иконостас в память спасения спасения императорской семьи 17 октября 1888 г., стоимостью более 2000 руб. В память того же события на средства архангельского купца Андрея Филипповича Беляевского окрашены масляными красками стены и потолок в том же храме и сделано пожертвование разными вещами более, чем на 1500 руб.

В 1894 г. был произведен внешний ремонт храма на 1100 руб., в разное время пожертвованные о. Иоанном Сергиевым (прав. Иоанн Кронштадтский), с добавлением значительной суммы из средств старосты Григория Максимовича Мерзлютина.

Население прихода в конце XIX в. состояло в основном из мещан, отставных солдат и крестьян. Из 125 дворов прихода 6 были купеческие. 16 августа 1886 г. была открыта школа грамоты, в 1889 г. переименована в церковно-приходскую школу. Церковно-приходское попечительство открыто в 1884 г.

До 1805 г. состав причта был одноклирный, по 1835 г. - двуклирный, затем опять одноклирный. С 1805 г. увеличение причта (до 2 священников, 1 диакона и 2 причетников) произошло по просьбе архангельского купца Василия Алексеевича Попова - для ежедневного поминовения его отца Алексея Попова. Епархиальное начальство дало свое согласие на это при условии, что В. Попов из своих средств будет выдавать ежегодно по 150 руб. на обоих священников и церковнослужителей и, кроме того, стараться о приращении их доходов. Эта сумма выдавалась до 1819 г. В 1832 г. прихожане купцы Петр Маляхинский, Афанасий Амосов, Матфей Первушин, Иван Демидов и Михаил Непенин с церковным старостой Афанасием Плотниковым обратились к Преосв. Георгию с прошением оставить при церкви одного священника, ввиду нехватки средств на содержание причта.

Священники: Иоанн Тимофеев Селецкий 1715-1722 г.г.; Гавриил по 1742 г.; Иоанн Васильев по 1750 г.; Иоанн Резанов по 1753 г.; Иоанн Коротаев по 1756 г.; Василий Клерин по 1764 г.; Артемий Калиновский по 1766 г. (впоследствии принял монашество в Михаило-Архангельском монастыре, где и скончался в глубокой старости); Михаил Телов по 1770 г.; Кирилл Ивановский (живописец, овдовел в 1771 г. и принял монашеский постриг); Стефан Резанов по 1772 г.; Василий Григорьев Шилов по 1796 г.; Василий Титов 1796-1803 г.г.; Алексий Ключарев с 1805 г. (впоследствии епископ Екатеринославский); Василий Тырыданов 1819-1835 г.г.; Михаил Калиновский 1820-1823 г.г.; Петр Павловский 1828-1832 г.г.; Николай Петрович Токарев 1846-1859 г.г.

Псаломщик: Николай Уаров 1888 г.