В Сотной с писцовых книг 1586 г. И.Г.Огарева и подъячего Ф.Юрьева на Сысольскую волость упоминается погост на Усть-Сысоле реки, а на погосте церковь во имя вмч. Георгия. А также починок Зеленец, а в нем часовня Пречистой Богородицы, и деревня Парчега на Прорвере, а в ней часовня во имя вмч. Георгия.

Троицкая церковь, построена в 1763 (1753?) г., вместо ветхой деревянной. В церковном архиве хранилась копия храмозданной грамоты Преосвященного Варлаама, епископа Устюжского, данная 28 мая 1753 г. Освящена церковь в 1768 г., на что дана была благословящая грамота Преосвященного Иоанна, епископа Устюжского, от 28 июня 1768 г. Холодная, каменная, одноэтажная с полатками внизу. Престолы: во имя Живоначальной Троицы; в приделе по южную сторону - первоверховных Апостолов Петра и Павла; в приделе с северной стороны - Трех Святителей Василия Великого, Григорий Богослова и Иоанна Златоуста.

Покровская церковь, каменная, двухэтажная. Нижняя теплая построена в 1733 г., вместо ветхой деревянной, на что имелась храмозданная грамота Преосвященного Сергия, епископа Устюжского и Тотемского, данная 10 апреля 1733 г. О разрешении строительства ходатайствовали Иван и Петр Сухановы. Освящена в 1740 г., по указу от казенного приказа Преосвященнейшего Гавриила, епископа Устюжского и Тотемского, от 21 (23?) августа 1740 г. Верхняя холодная Спасская церковь построена в 1792 (1793?) г., на что имелась храмозданная грамота Преосвященного Иринея, епископа Вологодского и Устюжского, от 9 марта 1792 г. Освящена 6 июля 1808 г. Преосвященным Евгением, епископом Вологодским и Устюжским. Престолы: в нижнем храме - во имя Покрова Пресвятой Богородицы; в приделе по южную сторону - во имя Предтечи и Крестителя Иоанна; в приделе с северной стороны - во имя вмч. Георгия; в верхнем храме - во имя Нерукотворного Образа Всемилостивейшего Спаса.

Каменная колокольня о два звона, в особом корпусе, под которой с южной стороны помещалась некоторое время Духовное правление, а с северной - кладовая палатка, позднее ризница.

Приписная церковь: кладбищенская Вознесенская, каменная, холодная, построена в 1820 г., вместо сгоревшей деревянной, с разрешения Преосвященного Евгения, епископа Вологодского, данного 23 июня 1811 года. Освящена в 1821 г. Престолы: во имя Вознесения Господня; в теплых приделах на южной стороне - во имя свт. Николая Чудотворца; на северной стороне - во имя свт. Алексия Митрополита Московского. При ней находилась старая деревянная церковь во имя св. Николая Чудотворца, теплая, построенная в 1790 г.

Приписная церковь во имя иконы Казанской Божией Матери в деревне Кочпон от собора в 4 верстах. Деревянная. Перестроена из часовни с благословения Преосвященного Христофора, епископа Вологодского и Устюжского, и освящена 26 мая 1861 года. Сгорела 13 июня 1901 (?) г. Вместо нее построена новая церковь, также в честь иконы Казанской Божией Матери.

Приписной Стефановский собор, каменный, двухэтажный. Проект был Высочайше утвержден 20 ноября 1852 г. Закладка фундамента совершена в 1856 г. с благословения Преосвященнейшего Феогноста, епископа Вологодского и Устюжского; постройка начата в 1858 г. и окончена в 1881 г. Отделка нижнего этажа храма окончена в 1882 г., в нем было два престола: главный - во имя иконы Божией Матери "Всех Скорбящих Радость", освящен 24 ноября 1883 г. по благословению Преосвященнейшего Феодосия, епископа Вологодского и Устюжского, второй придельный престол - во имя сщмч. Харлампия, освящен 25 ноября 1883 г. по благословению того же Преосвященнейшего Феодосия. В верхнем храме престол во имя свт. Стефана Епископа Пермского, по благословению Преосвященнейшего Алексия, епископа Вологодского и Тотемского, освящен 24 апреля 1896 года. В 1894 г. начато строительство колокольни на пожертвованные неизвестным благотворителем десять тысяч рублей, в 1897 году строительство было завершено. На 25 ноября (8 декабря н.ст.) 1926 г.было назначено освящение левого придела в нижнем храме в честь святителей Герасима, Питирима и Ионы Усть-Вымских чудотворцев.

Приписная церковь в полуверсте от собора в мещанском селении "Изкар", во имя Обновления Храма Воскресения Христова. Деревянная. Перестроена из Вознесенско-Харлампиевской часовни, сооруженной в 1891 г., с разрешения Преосвященнейшего Алексия, епископа Вологодского и Тотемского, по указу Вологодской Духовной Консистории от 16 мая 1897 г. за №3391. Освящена по благословению Преосвященнейшего Алексия, епископа Вологодского и Тотемского, 19 октября 1897 г.

Приписная тюремная Богородская церковь. Построена тюремным комитетом с разрешения епархиального начальства. Престол во имя иконы Божией Матери "Всех Скорбящих Радость". После революции церковь была закрыта, иконостас был передан вновь созданной Стефановской церкви в с. Иб.

Приписная Крестовоздвиженская церковь в Нижнем Конце. Престол во имя Воздвижения Честного Животворящего Креста. (Перестроенная из часовни?)

Были также приписными: с 1851 г. по 1894 г. - Слободская Никольская церковь, перестроенная из часовни во имя свт. Николая Чудотворца (в 14-ти верстах); в 1863-1886 г.г. - Озельская Вознесенская, перестроенная в 1860 г. из часовни во имя Вознесения Господня (в 20-ти верстах).

В городе существовала домовая церковь, при подворье Троицко-Ульяново-Стефановского монастыря.

Часовни деревянные: в Кочпоне, во имя свв. прав. Прокопия и Иоанна Устюжских Чудотворцев (4 версты от Троицкого храма); в Читу, во имя Покрова Пресвятой Богородицы (5 верст); на нижнем конце города во имя Воздвижения Животворящего Креста Господня (в 4-х верстах); за Кирулем, во имя Преображения Господня (в 2-х верстах).

Часовни в 1722 г. из опасения раскола приказано было разобрать. 15 июня 1729 г., по указу Петра 2-го, разрешено было возобновлять разобранные часовни. В 1731 году по благословению Преосвященного Лаврентия, епископа Великоустюжского и Тотемского, "за дальностию прихожан от святых церквей" часовни снова возобновлены.

Совершались крестные ходы: к Нижне-Конецкой Крестовоздвиженской часовне из собора 23 июня в день Сретения Чудотворной Иконы Божией Матери Владимирская, особенно здесь чтимой; за рекой Сысолой 20 июля, в день Пророка Илии; в Преображенскую часовню из кладбищенской церкви 6 августа, в день Преображения Господня, здесь икона Преображения Господня считалась явленной между 1818-1820 годами некоему Аврааму, из местных мещан, представлявшему себя в виде юродивого, и потому особо чтилась.

Диакон: Александр (умер до 1796 г., Андреевич?).