Приход охватывал половину Холмогор и был образован из четырех приходов, существовавших в XVI в.: Троицкого, Рождественского, Никольского и Покровского. В XVII в. в его пределах существовали следующие деревянные церкви:

- на Глинском посаде Троицкая церковь, с приделами Усекновения главы Иоанна Предтечи и свв. Апостолов Петра и Павла, холодная; Благовещенская церковь, с приделом св. Апостола Андрея Первозванного, теплая;

- на Иванском посаде церковь Рождества Христова, построенная в 1771-1772 г.г., теплая; церковь Иоанна Крестителя, холодная, и церковь святителей Афанасия и Кирилла. Кроме того, в начале XIX в. существовала церковь или, может быть, придел Вознесения Господня.

- на Никольском посаде теплая церковь Зосимы и Савватия и холодная Николаевская, построенная в 1629-1631 г.г. и к концу XVIII в. обветшавашая настолько, что богослужения в ней уже не совершались;

- на Падрокурском посаде Владимирская (Пречистенская) церковь и при ней женский монастырь и приходская церковь Покрова Пресвятой Богородицы, построенная в 1768 г.

В XVIII в. прекратили свое существование церкви: Владимирская (Пречистенская), Зосимо-Савватиевская, Иоанно-Прдтеченская и св. Афанасия и Кирилла.

В XVIII в. в приходе построили первую каменную двухэтажную Троицкую церковь. Строительство началось в 1698 г. Однако вследствие пожара 1698 года многие прихожане обеднели. А в 1714 г. был издан указ о запрете на строительство каменных зданий для привлечения каменщиков в новую столицу. Эти обстоятельства послужили причиной затянувшегося строительства. В первый раз о церкви упоминается в 1733 году.

По случаю появления расселин в стенах она в 1774 г. была закрыта впредь до исправления (указ Духовной консистории от 1774 г. за №1497). Ремонт был начат из-за нехватки средств только в 1811 г. (указ Духовной консистории от 1811 г. за №494). При этом были разобраны приделы: Иоанно-Предтеченский в верхнем этаже на южной стороне у западного угла и Андреевский в нижнем этаже с северной стороны.

Покровская церковь в 1798 г. была приписана к Троицкой. Никольская и Рождественская церкви составляли Нижепосадский Рождественский приход, при котором с 1771 г. по 1798 г. был свой причт. В 1799 г. эти две церкви в ведение причта Троицко-Глинского прихода.

Таким образом, к началу XIX в. в пределах описываемого прихода оставались два прихода: Троицко-Глинский с каменной Троицкой церковью и приписной деревянной Покровской и Рождественский Нижнепосадский с Рождественской и Никольской деревянными церквями.

В 1806-1813 г.г. на Глинском посаде была построена каменная Никольская церковь с тремя престолами: главным в честь свт. Николая (освящен 13.7.1813), придельным южным в теплой трапезе во имя Рождества Христова (освящен 23.5.1809 священником Холмогорского собора Андреем Романовым) и северным - Рождества Иоанна Предтечи (освящен 24.6.1809). Эта церковь с колокольней в одной связи была построена усердием бывшего прихожанина, впоследствии московского купца Димитрия Васильевича Сорокина.

В октябре 1808 г. при новой Никольской церкви был учрежден самостоятельный причт, а Рождественский Нижнепосадский приход тогда же переименован в Никольский. В 1871-1873 г.г. приходом заведовал причт Спасо-Преображенского собора, а в 1874 г. он был присоединен к Троицкому приходу.

Церкви упраздненного Нижнепосадского Рождественского прихода: Никольская (1629-1631 г.г.) в 1819 г. за ветхостью разобрана, а Рождественская (1771-1772 г.г.) продана в 1823 г. ширшемским крестьянам, приходская церковь которых сгорела в 1815 г. Покровская церковь (1768 г.) была заменена новой, построенной в 1861 г.

Таким образом, по мере уменьшения населения в Холмогорах, из четырех прежних приходов образовался один, в котором осталось три церкви: Троицкая, Никольская и Покровская. Первая считалась главной приходской, вторая - приписной и третья - кладбищенской.

В Троицкой церкви было три престола: придельный Благовещенский в нижнем этаже, освящен 23.9.1845, Петропавловский в нижнем этаже, освящен 28.7.1863, главный Троицкий в верхнем этаже, освящен 30.5.1872 (вторично после ремонта?).

Главным жертвователем на ремонт церкви был умерший в 1858 году холмогорский купец Анания Иванович Беданов.

Из предметов утвари были особо примечательны: 1) потир 7144 г. (1636 г.), пожертвованный "Порфирием Аврамовым сыном в дом пресвятей и живоначальней Троицы и верховных апостол Петра и Павла" (Краткое…, с. 247), и к нему два блюдца 7147 г. (1639 г.); 2) напрестольное Евангелие 7134 г. (1626 г.) и 3) синодик, составленный в начале второй половины 17 века.

Приписная Никольская церковь, одноэтажная, с тремя престолами: главный - во имя свт. Николая, придельные - во имя Рождества Христова и во имя Рождества Иоанна Предтечи. Из церковной утвари отмечались: 1) серебряный потир 7150 г. (1642 г.), 2) напрестольный крест 7196 г. (1688 г.); 3) напрестольное Евангелие 7145 г. (1637 г.); 4) антиминс величиной в четверть 7140 г. (1632 г.), переданный в 1893 г. Преосвящ. Никанору; 5) небольшой резной образ свт. Николая, переданный в Троицкую церковь из существовавшего в Холмогорах подворья Николаевского Корельского монастыря, и два больших резных образа того же угодника. Сохранялись в церкви приходно-расходные кнги Никольского прихода (за 1665-1667 г.г., 1667-1668 г.г., 1679 г., 1687-1691 г.г., 1691-1695 г.г.) и две книги Рождественского прихода (1678-1680 г.г., 1686-1687 г.г.).

Приписная Покровская кладбищенская церковь была построена в 1861 г. на средства купца Анании Беданова. В ней было два престола: Покрова Преcвятой Богородицы (освящен 20.8.1861) и в теплом приделе - во имя пророков Илии и Елисея (освящен 4.6.1861).

В приходе имелись также: 1) каменная часовня во имя Всемилостивого Спаса близ Троицкой церкви, устроенная в 1860 г. на средства купца Веданова (Беданова?) вместо прежней деревянной, построенной на берегу р. Курополки в 1729 г., 2) столб с образом свв. Зосимы и Савватия, служивший памятником существовавшего в Холмогорах подворья Соловецкого монастыря.

Прихожан к 1 января 1894 г. числилось: 239 мужского пола и 175 - женского.

Одним из достопримечательных событий приходской истории было посещение Троицкой церкви императором Александром I 28 июля 1819 г. на пути в Архангельск. На обратном пути 1 августа император присутствовал на литургии в той же церкви, участвовал в хождении на Иордан и принял от крещальной купели сына протоиерея Холмогорского собора Иоанна Леваковского.

В 1887 г. Преосвященнейшим Нафанаилом, епископом Архангельским и Холмогорским, было преподано архипастырское благословение крестьянину Ивану Павловичу Корельскому за пожертвование 145 руб. на ремонт и украшение Троицкой церкви и купеческой вдове Марии Сизовой за пожертвование двух 5%-ных билетов по 100 руб. каждый, один - в пользу Троицкой церкви, другой - в пользу причта.

Священники: Феодор Матвеев 1594-1611 г.г.; Константин 1648 г.; Трофим Родионов Рогуев 1650-1660 г.г.; Анфим Семенов Митусов и одновременно с ним Яков Яковлев Балуков около 1692 г.; Всилий 1683 г.; Феодор 1687 г.; Григорий 1687 г.; Димитрий Анфимов Митусов до 1690 г.; Потапий Алексеев с 1690 г. и Димитрий, подававшие челобитную о постройке каменной Троицкой церкви; Максим Андреев 1727 г.; Иоанн Маккавеев около 1730 г.; Павел Конищев 1757-1767 г.г.; Феофилакт Карасовский до 1791 г. (протоиерей), Георгий Щипунов 1792-1810 г.г.; Иоанн Тошаков 1810-1823 г.г.; Иаков Гурьев 1823-1847 г.г.; Феодор Носов начало 1848 г.; Петр Тырыданов 1848-1851 г.г.; Петр Яковлев Гурьев 1851-1858 г.г.; Павел Александров Леонтиевский 1868-1875 г.г., при котором были объединены Троицкий и Николаевский приходы; Василий Александров Таратин 1875-1890 г.г.

Псаломщик: Стефан Михайлов до 1886 г. (уволен из духовного ведомства с правом избрания рода жизни).

Церковный староста Троицкой церкви: крестьянин Иван Корельский с 1887 г.

Церковный староста Николаевской церкви: купеческий сын Иван Ерюхин с 1887 г.