В приходе было две церкви: Подкубенская Воскресенская – главная, Братковская Богородицкая – приписная.

Первая деревянная Воскресенская церковь была построена в 1584 г. В 1614 г. царь Михаил Феодорович, ввиду малочисленности приходских дворов, пожаловал во владение церкви деревню Александрово. Грамота об этом в 1686 г. подтверждена Иоанном и Петром Алексеевичами. Впоследствии эта деревня с оброком с неё по 8 рублей в год была взята в ведение архиерейского дома.

В 1762 (1763?) г. тщанием прихожан построена каменная двухэтажная церковь, располагавашаяся в полуверсте от села Кубенского. Престолы в честь: Воскресения Христова - главный, свт. Афанасия Александрийского, вмц. Параскевы Пятницы. Первоначально между церковью и колокольней на расстоянии 5 сажен находилась арка для входа в верхнюю церковь, а под аркой был проезд.

Главной святыней храма являлась икона Божией Матери, Толгская или Умиление по разным источникам, датируемая первой половиной XIV в., ныне хранящаяся в Вологодском историко-архитектурном и художественном музее-заповеднике. Существовало предание, что Толгская икона Божией матери написана преп. Дионисием Глушицким, подвизавшимся недалеко от этих мест, по ту сторону Кубенского озера. Сначала эта икона была местной в нижней тёплой церкви, но для вновь изготовленного иконостаса она оказалась "великой и ветхой", поэтому икону вынесли в амбар, где она пролежала три года.

В 1841 г. крестьянская жена Параскева Дмитриева, из деревни Потанина, страдавшая припадками, после неоднократных видений, усиленно просила священника принести эту икону в церковь. Священник разрешил вынести икону из амбара. Поновлённая на деньги крестьянки икона была сначала поставлена в трапезу тёплой церкви, потом её разместили в холодной церкви, на боковой левой стене. К иконе начали стекаться богомольцы, и причт ходатайствовал о расширении храма путём застройки арки. В 1842 г., с разрешения Преосвященного Евлампия, вместо арки был вкладен двухэтажный корпус в три света с южной и северной сторон, внизу устроена паперть и кладовая, а вверху - трапезная часть церкви. Св. Синод 21 сентября 1842 г. издал указ, согласно которому икона была оставлена в церковной трапезе.

Воскресенская церковь являлась одной из лучших в окрестности по своему благолепию и богатству церковной утвари. В нижней церкви пол был выложен мелкой мозаикой. Церковь была обнесена каменной оградой с железной решёткой. При церкви имелся дом для странников.

Местоположение: на 1691 год - под Кубенским погостом в Кубенской волости Вологодского уезда; на 1859 год - погост Воскресенско-Подкубенский, в 1-м стане Вологодского уезда, при р. Воскресенке; сейчас - ур. Погост Воскресенье северо-западнее д. Деревенцево.

Приписная Братковская Богородицкая церковь упоминалась в окладной книге 1618 года. Каменная одноэтажная церковь 1785 года. На холодной церкви располагался восьмигранный купол с главой, а на тёплой было две главы. Престолы в честь: Рождества Пресвятой Богородицы - главный, свт. Василия Великого и благоверного князя Александра Невского, свт. Николая Мирликийского и равноапостольной княгини Ольги.

Местоположение: на 1691 год - на Братском в Кубенской волости Вологодского уезда; на 1859 год - погост Богородский-Братковский, в 1-м стане Вологодского уезда; сейчас - ур. Братское северо-западнее д. Горбунка.