Приход образован объединением двух приходов - Варженского Николаевского и Варженского Иоанно-Богословского.

В 1637 г. по грамоте митрополита Ростовского Варлаама II была построена Варженская Николаевская церковь. В 1785 г. построена каменная церковь - одноэтажная, одноглавая. В 1874-1878 г.г. сооружена колокольня. Тёплая церковь с одним престолом построена в 1907 г. Престолы в честь: свт. Николая Чудотворца архиепископа Мирликийского - главный, иконы Божией Матери «Казанская», свт. Модеста Иерусалимского.

Местоположение: на 1755 год - Варженская волость в Южской трети Устюжского уезда; на 1859 год - село казённое Мякинницыно (Николаевский Варженский погост) в 1-м стане Устюжского уезда, при р. Варже; сейчас - д. Мякинницино, Верхневарженское с/п.

В 1788 г. при церкви числилось 660 человек, в 1868 г. - 1648.

В 1850 г. в Николаевском приходе был устроен кирпичный завод, на котором делали кирпичи не только для строительства церкви, но и для продажи, причём в большом количестве.

В 1881 г. по ходатайству прихожан при Николаевской церкви были учреждены четыре ярмарки: Сретенская (с 27 января по 2 февраля), Сорокосвятская (с 7 по 12 марта), Скорбященская (с 24 по 28 октября) и Никольская (с 1 по 6 декабря). Недалеко от церкви был устроен корпус деревянных лавок.

Вторая церковь - Варженская Богословская. Каменная. Построена в 1900-1910 г.г. вместо сгоревшей деревянной. Престолы в честь: апостола и евангелиста Иоанна Богослова - главный, прор. Илии, преп. Феодосия Тотемского, вмц. Параскевы Пятницы, Благовещения Пресвятой Богородицы, свтт. Афанасия и Кирилла Александрийских.

Местоположение: на 1755 год - Варженская волость в Южской трети Устюжского уезда; на 1859 год - погост Варженский Иоанно-Богословский в 1-м стане Устюжского уезда, при р. Варже; сейчас - северо-западнее д. Антоново, Усть-Алексеевское с/п.

В 1788 г. при церкви числилось 1356 человек, в 1868 г. - 2948.

27 ноября 1884 г. при Иоанно-Богословской церкви была открыта церковно-приходская школа.