Церковь прор. Илии и церковь Св. Троицы и Иоанна Милостивого на Кубенском погосте в Кубенской волости Вологодского уезда упоминались в окладной книге 1618 года.

Кубенская Ильинская церковь, 1745 года, каменная. Престол в честь пророка Илии.

Приписная Кубенская Троицкая церковь, 1760 года, каменная, двухэтажная. Престолы в честь: Святой Троицы - главный (в верхнем этаже), свт. Иоанна Милостивого.

В 1812 г. была построена каменная колокольня. 7 ноября 1865 года возобновлённый Троицкий храм был освящён благочинным священником Александром Боголеповым.

Кубенская Димитриевская церковь, 1816 года, каменная. Престол в честь вмч. Димитрия Солунского.

Кубенская Успенская церковь кладбищенская, 1908 года, каменная. Престол в честь Успения Пресвятой Богородицы.

В приходе имелось три часовни.

Церковно-приходское попечительство было открыто 1 января 1896 года и состояло из 11 членов под председательством приходского священника. Приходская народная библиотека открыта в конце 1894 года. Отмечалось, что интерес прихожан к чтению был велик. В библиотеке, которая размещалась в церковной трапезе в "приличном" шкафу, имелось 280 экземпляров книг. Книги выдавались священником всякий раз, когда он находился в церкви для исполнения своих обязанностей.

Чтения для народа проводились с разрешения епархиального начальства (указ духовной консистории от 16 октября 1895 г. за №6150) сначала в здании народного училища, затем в отдельном помещении.