Вилегодская Ильинская церковь основана не позднее первой четверти XVII в., о чём свидетельствовала грамота митрополита Ростовского Варлаама, отрывок из которой хранился в храме. Грамота была написана в 1625 г., ею давалось разрешение отремонтировать внутренность церкви после пожара. В 1789 г. построена каменная, двухэтажная, трехпрестольная церковь.